Bir zamanlar ormanda yaşayan bir kadın varmış. Bu kadın küçücük bir yavrusu olsun istiyormuş ama onu nereden bulacağını bilemiyormuş. Sonunda ormanda yaşayan periye gitmiş ve demiş ki: "Küçücük bir yavrum olmasını çok istiyorum; böyle bir çocuğu nereden bulurum, bana söyleyebilir misin?". Peri "Ondan kolay ne var! Al sana bir buğday tanesi, bunu bir çiçek saksına ek, sonra bak bakalım ne çıkacak!" diye cevap vermiş.
Kadın ertesi gün buğdayın çiçeğe dönüştüğünü görünce çok şaşırmış ve nazikçe çiçeği öpmüş. Çiçeği öper öpmez aniden çiçeğin yaprakları açılıvermiş ve çiçeğin içinde çok güzel minicik bir kız varmış. Kadın çocuğu görür görmez, hemen adını "Thumbelina" koymuş.
Kadın, Thumbelina'nın yatağını cilalı ceviz kabuğundan, yorganını da çiçek yaprağından yapmış. Thumbelina, yeni hayatına kolayca alışmış. Geceleri kendisi için yapılan yatakta uyur, gündüzleri masanın üstünde oynarmış.
Bir gece beşiğinde mışıl mışıl uyurken, pencerenin kırığından içeriye bir kurbağa girmiş. "İşte bu güzel kız, tam benim oğluma göre bir gelin!" demiş kurbağa. Sonra, içinde Thumbelina'nın uyuduğu ceviz kabuğunu kaptığı gibi zıplayarak pencereden bahçeye atlamış.
Kıyısı bataklık olan büyük, geniş bir derede yaşayan kurbağa Thumbelina'yı evine götürmüş. Bu arada baba kurbağanın aklına çok güzel bir fikir gelmiş ve "Bataklığın altındaki büyük odayı hazırlayalım, orası sizin eviniz olur!" demiş oğluna.
Thumbelina uyanınca baba ve oğul kurbağayı görünce çok korkmuş ve ağlamaya başlamış. Balıklar Thumbelina'nın yardım isteğini duymuş ve nilüfer yaprağının kökünü kemirmeye başlamış. Böylece serbest kalan yaprak, akıntıya kapılarak baba ve oğul kurbağalarının yetişemeyecekleri kadar uzaklara sürüklenmiş.
Thumbelina, o yaz tek başına yaşamış. Ardından kış gelmiş. Soğuktan çok üşüyen Thumbelina aniden küçük bir kapı ile karşılaşmış ve kapıyı çalmış. Kapıyı açan tarla faresi onu evine davet etmiş, yemek ikram etmiş. Evde kendisine yardımcı olması koşuluyla Thumbelina kışı orada geçirmiş.
Tarla faresinin en yakın arkadaşı olan köstebek, ziyaret için eve geldiğinde Thumbelina'yı görmüş ve aşık olmuş, sonunda ona evlenme teklif etmiş. Köstebeğin yaralı serçeye olan kaba davranışları karşısında Thumbelina çok üzülmüş, yaralı serçeyi iyileştirmiş. Köstebek ile evlenmek istemeyen Thumbelina, serçe ile tekrar karşılaşmış ve birlikte çiçekler diyarına uçmuşlar.
Thumbelina bu uzun yolculuk sonrasında sarı bir çiçeğin üzerinde uyuyakalmış. Uyandığında karşısında "Çiçeklerin Kralını" bulmuş. Kral çok kibar ve yakışıklıymış. Kralla evlenip "Çiçeklerin Kraliçesi" olmuş ve sonsuza kadar mutlu yaşamışlar.