Mavi Marmara gemisiyle Gazze'ye yardım malzemeleri götürüldüğü sırada gemiye yapılan kanlı baskın sonrası Polat Alemdar ve arkadaşları Filistin'e gitmiştir. Amaç bellidir, baskının askeri planlayıcısı ve yürütücüsü olan İsrailli komutan ele geçirilmeli ve hesap sorulmalıdır.
Filistinlilerle kurulan ilk temaslar sonunda amacına adım adım yaklaşmaya çalışan Polat Alemdar'ı bazı sürprizler beklemektedir. Hedeflerindeki kişi olan komutan Moşe Ben Eliezer'in kural tanımaz gaddarlığı ve emrindeki teknolojik imkânları işleri zora sokmaktadır. Polat, Moşe'ye ulaşmaya çalışırken, Filistin'de masum insanların nasıl öldürüldüklerini görür. Moşe, köyleri yıkmakta, çocukları öldürmekte ve Polat'a yardım eden herkesi hapse atmaktadır.
Fakat teknolojik imkânlar ve kural tanımazlık, Moşe'yi kurtarmaya yetmeyecektir.